Oslo Bystyre vedtok i oktober 2005 en helhetlig tiltaksplan for forurensede sedimenter i Oslo havnedistrikt, og Oslo Havn KF fikk i oppdrag å gjennomføre planen. I februar 2006 begynte arbeidet med å flytte forurensede sedimenter fra de indre havneområdene til et deponi på ca 70 meters dyp mellom Malmøykalven og Husbergøya.

Bakgrunnen for oppryddingen i Oslo havn var at de indre havneområdene gjennom flere tiår hadde vært utsatt for industriforurensning og ulovlig dumping av søppel og skrot. Forurensningen var blitt liggende på sjøbunnen i opptil to meter tykke sedimentlag som inneholdt blant annet kadmium, kvikksølv og PCB.

Forurensningene lå på grunt vann, noe som medførte at både småbåttrafikk og skipstrafikk daglig virvlet opp forurensninger, som dermed ble spredd i vannmassene og tatt opp i næringskjeden. Dette var noe av årsaken til at Mattilsynet i en årrekke hadde utstedt kostholdsråd for fisk fanget i Oslofjorden innenfor Drøbak.

Malmøykalven eller Langøya
Det var aldri omstridt at det måtte ryddes opp i sedimentene i indre Oslo havn - men det ble mye diskusjon om hva som skulle gjøres med sedimentene. En omfattende konsekvensutredning frembrakte to alternativer.

Det ene alternativet var å legge sedimentene i et deponi på 70 meters dyp utenfor Malmøykalven; det andre alternativet var å frakte sedimentene til NOAHs spesialdeponi på Langøya utenfor Holmestrand. Både Malmøykalven og Langøyene ga god sikkerhet for at forurensningsproblemet ble løst, men Langøya-løsningen var vesentlig dyrere og introduserte en viss risiko, fordi de forurensede sedimentene måtte fraktes lange veier på lektere. Det ble også lagt vekt på at Langøya er et spesialdeponi som kan håndtere farlig avfall, og at det var lite formålstjenlig å fylle store av et slikt deponi med forurensninger i en lavere fareklasse.

Prosjektmålsetting
Utførte arbeider i prosjektet ble beskrevet i ¿Søknad om mudring av forurensede sedimenter i Oslo havnebasseng¿ datert 28. september 2005. Søknaden er basert på "Helhetlig tiltaksplan for forurensede sedimenter i Oslo havnedistrikt", vedtatt av Oslo bystyre 26. Oktober 2005. Følgende lang¬siktige forvaltningsmål er definert:

• Bunnsedimenter skal ikke være til hinder for utøvelse av rekreasjon og friluftsliv, byutvikling, havnedrift, båtliv og yrkesfiske.
• Forurensede sedimenter eller bruken av indre Oslofjord skal ikke føre til langsiktige, negative effekter på øko-systemet.

Følgende operative mål er definert:

• Forurensede sedimenter skal fjernes eller dekkes til slik at miljøtilstanden forbedres betydelig
• Det skal tilstrebes at kvaliteten på overflatesedimentet i hovedsak oppfyller klasse II (moderat forurenset) i SFTs klassifisering av miljøkvalitet i fjorder og kystfarvann (SFT veileder 97:03).
  

Omstridt prosjekt
Prosjektet ble omstridt da Oslo havn KF bestemte seg for å satse på dypvannsdeponering utenfor Malmøykalven. Det ble blant annet påstått at prosjektet ville ødelegge bademulighetene i de indre delene av Oslofjorden for all fremtid, og motstandere av deponiet hevdet at man ikke ville ha "et lager av miljøgifter liggende midt i et av de flotteste friområdene i Oslofjorden".

Motstanderne fikk stort gjennomslag i pressen med en dramatiserende terminologi  som handlet om "giftdeponi" og "giftslam".

Motstanderne fikk også stort gjennomslag i pressen med en dramatiserende terminologi som handlet om "giftdeponi" og "giftslam". Det faktiske forholdet var imidlertid at totalmengden forurensning i sedimentene generelt var mindre enn 1 prosent, og miljøgifter utgjorde kun en liten fraksjon av dette igjen.

Miljøbevegelsen i Norge har vært splittet i synet på prosjektet. Stiftelsen Neptun, Norges Miljøvernforbund og Innbyggerinitiativet på Nesodden var de mest kritiske, Bellona var skeptisk særlig i startfasen, mens Naturvernforbundet og Natur og Ungdom i hovedsak stilte seg positive til planene.

Statens forurensningstilsyn (SFT) og Fylkesmannen i Oslo og Akershus har støttet prosjektet hele veien, og motstandernes protester til Miljøverndepartementet ble avvist flere ganger.
 
Renere enn på 100 år
Arbeidet med å fjerne forurensede sedimenter fra Oslo havn ble påbegynt i 2006, og deponeringen ved Malmøykalven ble avsluttet i november 2008. Deretter ble deponiområdet tildekket med et ca 40 cm tykt lag av ren sand.

Før tildekkingen startet ble det iverksatt grundige utredninger rundt hvilke metoder som kunne være hensiktsmessige. Det har også vært gjennomført prøvetildekkinger for å samle erfaring og vurdere konsekvenser under ulike scenarier.

Fjerningen av forurensede sedimenter og deponeringen ble fullført i november 2008. To rapporter fra NGI i 2009 viser resultatet av arbeidende: Både store deler av Oslo havn og sjøbunnen i dypvannsdeponiet ved Malmøykalven er nå renere enn noensinne de siste 100 årene.